同姓不能在一起的原因主要可以归纳为以下几点：
血缘关系
同姓的人大多数情况下拥有共同的祖先，因此存在血缘关系。在古代，人们认为同姓者几百年前是一家，血缘关系过近可能会导致近亲繁殖，从而产生遗传疾病和后代不健康的问题。
宗法制度
在古代中国，宗法制是社会组织的基础，同姓者通常属于同一个家族，存在严格的尊卑长幼等级名分。同姓通婚不仅有悖人伦，还可能引起族内矛盾和社会混乱。
伦理道德
古代社会将同姓成婚视为乱伦，认为这与至亲、嫡亲兄弟姐妹通婚等同，违背了伦理道德。例如，《通典》和《白虎通·嫁娶》等典籍都明确反对同姓结婚。
政治需要
禁止同姓成婚有助于促进与异姓之邦的联姻，扩大政治合作和军事联盟，从而增强国家的统治力和势力范围。周王朝通过联姻异姓来巩固统治，防止同姓内部的权力斗争。
避免近亲结婚
随着医学知识的进步，虽然近亲结婚的风险已被更多了解，但传统观念仍然认为同姓结婚可能导致后代健康问题。现代社会中，虽然法律上没有明确规定禁止同姓结婚，但许多地方仍有这样的民间惯例。
综上所述，同姓不能在一起主要是基于古代对血缘关系、宗法制度、伦理道德和政治需要的综合考虑。尽管现代社会对这些传统观念有所淡化，但在一些地区和群体中，同姓不婚的观念仍然存在。
