查处违法转包工程的方法主要包括：
调查企业的承包资质等级
确认承包单位是否具备相应的资质条件。
审查总分包合同
检查合同中关于分包的条款，确认是否存在违法转包行为。
核查专业技术人员的职称和资格证书
核实参与项目人员的专业资格是否符合要求。
材料供应情况
检查材料供应是否合规，有无正规渠道。
设备和工程现场管理资料
审查施工现场管理是否符合规定，设备是否到位且维护良好。
施工记录和日志
查阅施工记录和日志，了解施工过程是否规范。
举报与查处
向县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门举报。
相关部门将依法进行调查，并可能采取责令改正、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等措施。
工程造价评估
通过专业评估机构对工程造价进行评估，作为处罚的依据。
实际收款情况
考虑专业承包单位从建设单位实际收到的款项作为处罚的一部分。
考虑项目影响
结合违法转包行为对项目质量、安全及工期的影响确定处罚标的。
法律依据为《中华人民共和国建筑法》相关条款，特别是第六十六条和第六十七条。
