恶意欠薪的立案机关有以下几种选择：
公安机关：
可以向当地公安机关报案或举报。公安机关在接到报案、控告或举报后，会进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案。
人民检察院：
作为法律监督机关，人民检察院也有权对恶意欠薪行为进行立案监督。如果发现犯罪事实或犯罪嫌疑人，人民检察院应当按照管辖范围立案侦查。
人民法院：
人民法院在接到相关案件后，若认为符合立案条件，也会予以立案审理。
此外，根据相关法律规定，恶意欠薪行为还可以向当地的人力资源和社会保障部门进行报案，由该部门向公安机关移交案件。
综上所述，恶意欠薪案件可以向公安机关、人民检察院或人民法院报案或举报。建议首先向当地的人力资源和社会保障部门报案，由该部门进行初步调查并移交公安机关处理。如果公安机关认为存在犯罪事实并需要追究刑事责任，将会正式立案展开调查。
